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Durch häufiges Speichern und Löschen werden die Daten auf einer Festplatte in immer kleinere Teile zerlegt (fragmentiert). Sind die Daten stark fragmentiert, benötigen Lese- und Schreibzugriffe mehr Zeit. Beim Defragmentieren werden die Daten auf einer Festplatte wieder zusammengesetzt und geordnet.

Eine Defragmentierung sollte aber nicht bei den neueren SSD-Festplatten durchgeführt werden, da diese durch zu häufige Schreib- und Lesezugriffe Schaden nehmen können.