Durch häufiges Speichern und Löschen werden die Daten auf einer Festplatte in immer kleinere Teile zerlegt (fragmentiert). Sind die Daten stark fragmentiert, benötigen Lese- und Schreibzugriffe mehr Zeit. Beim Defragmentieren werden die Daten auf einer Festplatte wieder zusammengesetzt und geordnet.
Eine Defragmentierung sollte aber nicht bei den neueren SSD-Festplatten durchgeführt werden, da diese durch zu häufige Schreib- und Lesezugriffe Schaden nehmen können.